其他應交稅費是指企業需要向政府繳納的稅費，包括增值稅、所得稅、城建稅、教育費附加等。如果企業已經預付了稅費，但是后來發現繳納的稅費金額過多，可以向稅務機關申請退稅。

處理其他應交稅費的退稅問題，企業應該按照以下步驟進行：
1. 申請退稅：企業需要向稅務機關提交退稅申請，申請時需要提供相關的憑證和證明材料，如發票、憑證、稅務局出具的退稅證明等。
2. 稅務機關審核：稅務機關會對企業的退稅申請進行審核，核實企業的申請材料是否真實有效，以及企業是否符合退稅的條件。
3. 退稅處理：如果審核通過，稅務機關會將退稅款項劃撥至企業的銀行賬戶中，企業需要在銀行對賬單中確認收到退稅款項。
4. 會計處理：企業在收到退稅款項后，需要將其記入會計賬簿中。具體處理方法為：借記銀行存款賬戶，貸記其他應收款-退稅款賬戶。

以上就是企業應該如何處理其他應交稅費的退稅問題的步驟和方法。