單位內部控制制度的修訂應該遵循以下程序：
1.明確修訂的目的和范圍：確定修訂的原因、目的和涉及的范圍，明確修訂的重點和重要性。
2.制定修訂計劃：制定修訂計劃，明確修訂的時間、責任人和工作內容。
3.征求意見：征求相關人員的意見和建議，包括內部控制部門、財務部門、審計部門等。
4.制定修訂方案：根據征求意見的結果，制定修訂方案，明確修訂的內容、流程和責任。
5.審批修訂方案：修訂方案應由單位領導審批，并簽字批準。
6.實施修訂：按照修訂方案，對內部控制制度進行修改和完善。
7.測試修訂效果：對修訂后的內部控制制度進行測試和評估，確保修訂效果符合預期。
8.宣傳和培訓：對修訂后的內部控制制度進行宣傳和培訓，確保全體員工能夠理解和遵守修訂后的制度。

以上是單位內部控制制度修訂的一般程序，具體修訂程序還需要根據實際情況進行調整。