科目匯總表中的科目余額可以通過以下幾種方式進行調整：
1. 沖銷：如果某筆會計憑證錄入錯誤，需要進行沖銷，可以在科目匯總表中對應科目的余額中減去相應的金額。
2. 核銷：如果某筆應收或應付款項已經結清，需要在科目匯總表中對應科目的余額中減去相應的金額。
3. 調整：如果某些科目的余額需要進行調整，可以通過錄入調整憑證的方式來實現。
4. 轉移：如果某些科目的余額需要轉移到其他科目中，可以通過錄入轉賬憑證的方式來實現。

無論采用哪種方式進行調整，都需要保證調整憑證的準確性和完整性，并在調整后重新生成科目匯總表以反映最新的余額情況。